只能以单个构象来解释1331com银河注册

时间:2020-10-30来源:未知作者:admin点击:
完成电子圆二色谱(ECD)的计算后,需要将不同构型的玻尔兹曼平均ECD图谱与实验ECD图谱进行对比,选取最接近实验图谱的,从而确定化合物的立体构型。在此之后,通常需要对ECD的科

  完成电子圆二色谱(ECD)的计算后,需要将不同构型的玻尔兹曼平均ECD图谱与实验ECD图谱进行对比,选取最接近实验图谱的,从而确定化合物的立体构型。在此之后,通常需要对ECD的科顿效应(Cotton Effect)进行分子轨道层面的解释。

  玻尔兹曼平均ECD图谱是多个构象的ECD图谱的综合结果,但在解释科顿效应时,只能以单个构象来解释。1331com银河注册因此,我们选取对平均ECD图谱贡献最大的即能量最低的一个(或多个)构象。下面以 “第一届量化计算与药物设计实用技术培训班”上的ECD计算结果为例,讲述如何计算玻尔兹曼权重因子、绘制分子轨道图以及解释ECD的科顿效应。

  通过SpecDis将各个构象的能量及光谱抽取出来后,得到两个文件夹heat和spectra,将heat中的文件全部复制到spectra文件夹中,然后使用SpecDis进行玻尔兹曼平均:

  各构象的玻尔兹曼权重因子(即构象分布比例)在输出文本框中列出,如demo1的权重因子是28.17,即该构象占比28.17%:

  图中,红框部分是激发态序数,蓝框部分是电子跃迁的分子轨道及跃迁方向,橙框部分是吸收波长,黑框部分是振子强度。

  打开MOs窗口。窗口上方右侧列出各个分子轨道对应的序号及能量,其中,有红色箭头(表示自旋相反的电子)的是占据轨道,无红色箭头的是未占轨道。默认情况下,最高占据轨道(HOMO)与最低未占轨道(LUMO)会被选择并标黄色。在这个例子中,83是HOMO,84是LUMO。

  由上图可知,玻尔兹曼平均ECD图谱中307.15 nm附近的吸收峰(正的科顿效应)是由于电子从分子轨道83跃迁到84引起的,即π-π*。